Nach der Schlacht auf den Katalaunischen Feldern,  kam es zu einer engeren Anlehnung an das Römische Reich und ab etwa 500 n.Chr.  zum teilweisen Zusammenschluss mit den Franken.

Um das Jahr 506 nahm der Burgunderkönig Sigismund den christlichen Glauben an, verscherzte es sich dann allerdings mit dem Gotenkönig Theoderich und wurden von diesem 507/8 militärisch in die Schranken verwiesen. Trotzdem gelang den Burgunden bald danach unter  König Gundobad eine erneute Ausweitung ihres Herrschaftsgebietes entlang der Rhône. 

Die Herausbildung der burgundischen Wesenheit

Gundobad ließ 516 das in seinem Land geltende Volksrecht aufschreiben, die Lex Gundobada oder auch Lex Burgundionum, eine Mischung aus überliefertem römischen Provinzrecht und germanischen Einflüssen, die als die fortschrittlichste und humanste unter den germanischen Volksrechten gilt. Die Lex Burgundionum war ein wichtiger Faktor, für die Herausbildung einer burgundischen Wesenheit, welche die kommenden politische Entwicklungen und Grenzverläufe überdauern konnte.

Chlodwig I

Schon 523 und 524 hatte Chlodwig I versucht, das Königreich Burgund zu unterwerfen, das sich aber schutzsuchend an das Ostgotenreich des Theoderich I. in Italien anlehnte. Doch zwei Jahre nach Theoderichs Tod, unterlagen die Burgunden schließlich unter ihrem König Godomar II in der Schlacht von Autun 532 den Frankenkönigen Childebert_I. und Chlothar_I. 

Burgundia Teil des Frankenreichs

Burgund wurde 534 ein Teil des Frankenreiches, behielt zwar eigenes Volksrecht und als Teilreich neben Neustrien und Austrasien eine gewisse Eigenständigkeit, musste aber den Franken Heeresfolge und Zins leisten; das burgundische Königtum wurde durch die merowingische Könige Chlothar I., Childebert I. und Theudebert I. ersetzt; ein als Burgundia bezeichneter Reichsteil bestand jedoch innerhalb des fränkischen Reiches weiter.

Nachdem Chlothar I.  ab 558 bis 561wieder über das gesamte Frankenreich herrschte, fiel bei seinem Tod die Burgundia an seinen Sohn

König Guntram I ( um *532 bis †592). 

Unter Guntram (und seinem fähigen Heermeister Mummolus) verfestigte sich das Zusammengehörigkeitsgefühl der Burgunder durch die militärischen Auseinandersetzungen mit den Langobarden, die ihr Herrschaftsgebiet von der Po- Ebene gerne nach Nordwesten ausgebreitet hätten.  Als alle vier Söhne Guntram I. gestorben waren adoptierte er im Jahr 577 seinen Neffen Childebert II, den König Austrasiens, um zu verhindern, dass nach seinem Tod sein Reich an Chilperich I, den König von Neustrien fallen würde. Childebert II überlebte Guntram nur um vier Jahre aber sein zweiter Sohn Theuderich II. (lat. Theudericus) (* 587; † 613) konnte ihn als König Burgunds beerben.

Erst Chlothar II. (* 584; † 630) konnte das gesamte Frankenreich wieder unter sich vereinigen. Dafür musste er allerdings im Jahre 614 dem fränkischen Adel im Edictum Chlotharii wichtige Zugeständnisse machen, womit er unfreiwillig den späteren Aufstieg der Hausmeier ermöglichte. Auf Druck des austrasischen Adels musste Chlothar 623 das Königreich Austrasien, als Unterkönigreich seinem Sohn 

Dagobert I. (* um 608  bis † 639)

übergeben.  Dagobert I., der 629 König aller Franken wurde, gelang es noch einmal die Macht der Merowinger zu konsolidieren. Dagobert war der erste fränkische König, der in der königlichen Grablege von St. Denis begraben wurde.

Nach Dagoberts Tod wurde das Königreich zwischen seinen beiden Söhnen aufgeteilt. Sigibert III. erhielt Austrasien mit Residenz Metz, der jüngere Chlodwig II. residierte in Paris und erhielt Neustrien und Burgund. Es folgten eine Reihe schwacher und inkompetenter Merowinger Könige. Währenddessen konnten Adelsfamilien, insbesondere die Pippiniden immer mehr Macht gewinnen und die Kontrolle über das Land übernehmen. Versuche einiger Merowinger Könige, im späten 7. Jahrhundert wieder die tatsächliche Herrschaft zu übernehmen, scheiterten.